O Centro Cirúrgico do Hospital Regional é referência para a realização de procedimentos de média e alta complexidade em toda a região pelo Sistema Único de Saúde (SUS). Com equipamentos modernos, a unidade promove cirurgias em diversas especialidades, entre elas, cirurgias cardíacas, neurocirurgias e cirurgias oncológicas.

A estrutura disponível se divide em três setores:

-  Centro Cirúrgico 1 - onde se concentram os procedimentos mais complexos e também os de urgência e emergência;

- Centro Cirúrgico 2 - onde são realizadas intervenções de menor complexidade e também as ambulatoriais, aquelas em que o paciente é liberado no mesmo dia, sem necessidade de internações ou anestesias gerais.

- Centro Obstétrico - local em que são realizados os partos (normais ou cesarianas) e também as cirurgias ginecológicas.

As unidades cirúrgicas dispõem de 20 salas, em que são realizadas aproximadamente 1,7 mil cirurgias por mês, de pequena, média e alta complexidade.